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微生物多样性研究中测序原始数据及其处理方式
1、原始数据一切数据分析的根本。分析过程文件、结果文件可以丢失，原始数据在，分析结果可以重现；原始数据一旦丢失，分析结果则不可重现；原始数据应及时索取或保存。
2、S rRNA基因包括保守区和可变区，保守区反映了物种间的亲缘关系，而可变区则反映了物种间的差异。16S rRNA基因测序一般是利用MiSeq对16S rRNA基因的V3-V4可变区进行测序，以此来研究微生物多样性。
3、分析阳性对照：观察实验、测序环节是否有问题；2）比较分析不同测序run之间的阳性对照，排除测序批次间的差异性。3）按照要求分析该批次中的样本。
4、使用R软件Vegan包计算16s高通量测序数据的α生物多样性指数这里介绍一下用R软件中vegan包计算生物多样性指数的方法：R软件安装请自行搜索。第一步：制作数据矩阵。第二步，读取数据到R中。
...设计一个试验方案分析其中微生物种群多样性
分离。将天然发酵液态食品于无菌环境种接种于可支持多种微生物生长的培养基上，如营养琼脂，如果是特殊菌，如乳酸菌则需要分离乳酸菌的培养基，培养获得单个菌落； 鉴定。
将倍比稀释完的样品涂布在固体培养基上，恒温培养。观察菌落的性状。初步分辨微生物种类。挑取不同性状菌落，重新液体培养。使用检测试剂检测微生物种类。通过实验证明微生物种群多样性，然后发感慨什么的。
因此，醌的多样性可定量表征微生物的多样性，醌谱图（即醌指纹）的变化可表征群落结构的变化。
生物多样性的三个主要层次是物种多样性、基因多样性和生态系统多样性。这是组建生物多样性的三个基本层次。基因多样性代表生物种群之内和种群之间的遗传结构的变异。每一个物种包括由若干个体组成的若干种群。
引言 种群数量是生物学中的一个重要特征，它对于生物种群的发展和演化起着重要的影响。
废水中微生物多样性的检测有几种方法?
1、比较常用的方法有：指示生物法。指示生物指在一定的水环境中生活、当水环境质量发生变化时便敏感地呈现出受害症状甚至消亡的生物。观察和测定指示生物个体和种群的变化，可以比较准确地判断出环境质量状况。群落结构法。
2、菌丝浓度测定法是大规模工业发酵生产上微生物生长的一个重要监测指标。这种方法比较粗放，简便，快速，但需要设定一致的处理条件，否则偏差很大，由于离心沉淀物中夹杂有一些固体营养物，结果会有一定偏差。 2称干重法： 可用离心或过滤法测定。
3、瓦勃呼吸仪测定法。用瓦呼仪就可以了。利用瓦勃氏呼吸仪（简称瓦呼仪）测定废水的生化呼吸线是一种较有效的方法之一，结果相对精确点。微生物呼吸速率法。
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