大家好,今天小编关注到一个比较有意思的话题,就是关于土壤微生物高通量测序的问题,于是小编就整理了3个相关介绍土壤微生物高通量测序的解答,让我们一起看看吧。
16srna测序是什么技术?
16sRNA测序是一种高通量测序技术。
1. 16sRNA测序技术是通过测序16sRNA基因来分析微生物的多样性和组成,可以用于病原体的检测和分离等医学研究领域,以及土壤、水源等环境研究领域。
2. 由于高通量测序技术可以同时处理大量的样本,并且其准确性和精度已经得到了有效验证,因此16sRNA测序技术已经成为当前微生物领域中最常用的技术之一。
除了16sRNA测序外,还有18sRNA、ITS、shotgun等不同的测序技术。
如何分辨培养皿里的微生物?
在进行生物实验的时候, 我们会使用大量的培养皿来培养我们的细菌,或者说微生物,那么从土壤中获得这些微生物,我们要如何进行分辨呢?
首先第一点,我们可以通过肉眼来观察,那么每一种细菌,或者说微生物都具有不同的外形,我们所说的外形就是它的颜色特点,还有其他的例如菌斑的形状等等,这样可以帮助我们初步判断微生物。
其次,我们可以通过菌落PCR的方法来进行鉴定。因为这类方法是最快速最便捷的方法,在所有的方法之中。
但是缺点也很明显,因为我们知道如果你想要进行聚合酶链式反应,必须要知道引物的序列,也就是我们常说的primer。
你可以通过你要寻找的菌株,在NCBI的网站上,找到那段特异性的区域,设计出你需要的序列完成实验。
最好如果你完全不知道是什么?我们可以利用简单的PCR辨别真菌和细菌,利用16s rRNA序列判别,然后***用高通量测序,得到这个细菌或者这些细菌尽可能多的信息,通过比对找到它。
其实最确定的分辨微生物的方法,就是测序,我们获得了微生物的序列之后,进行序列比对,找到我们培养的微生物所在的科属种,这样帮助我们进一步判断微生物的一些特性,其次也可以通过获得的序列信息,得到一些微生物可能的潜在功能和作用。
挖古墓、修遗址,尖端科技是如何赋能考古行业的?
“我们是谁?我们从哪里来?”认识历史,离不开考古学。
近年来,我国考古取得了丰硕的成果。如,中国科学院古脊椎动物与古人类研究所付巧妹团队关于古基因组揭示近万年来中国人群的演化与迁徙历史的研究成果,填补了东方尤其是中国地区史前人类遗传、演化、适应的重要信息缺环;三星堆6座文化“祭祀坑”考古新发现是中华文明多元一体发展模式的重要实物例证,充分体现了古蜀文明、长江文化对中华文明的重要贡献。
考古为我们揭示了中华文明起源,重现中华文明的灿烂成就,展示中华文明对世界文明的重大贡献,增强了民族自信。时值中国考古学诞生100周年,我们溯源历史的脚步从未停止,探寻答案的途径却更加多样。随着科学技术的发展,考古学研究不断深入,科技在考古研究中占比大幅提升。浪潮携手吉林大学古DNA实验室,将智算应用到DNA考古中,解锁古生物的生命奥秘,重现古老文明演变的轨迹,溯源人类文明。
吉林大学于1998年建立国内首个考古DNA实验室,并利用考古学、人类学以及语言学等的跨学科交叉,为我国北方地区和新疆地区的古人类DNA、古动植物DNA研究和古文明的溯源,做出了巨大的贡献。2019年,吉大古DNA实验室成功实现了世界首例古小麦全基因组的破译,为理解东西方文化交流及农业传播,提供了跨时间维度的直接证据;2020年6月1日,吉林大学古DNA研究成果还原了新石器时代农业革命以来,中国北方地区的人群互动,为探讨中华文明的起源、形成和发展提供了重要证据。
但古DNA的提取并不是一件容易的事情。由于年代久远、水解、氧化、微生物降解等原因很难完整保留下来,不仅可提取到的量很少,与现代DNA相比更短,科研人员需要对珍贵的古DNA进行更大规模的测序,以获得更多的有效数据,测序带来的海量DNA数据对计算力、计算效率都提出了很高的要求。
古DNA的研究中,研究人员先对骨骼样本进行采集,用专业工具获得骨骼粉末;***用特有的试剂盒对粉末进行DNA提取;随后对提取液中的古DNA进行文库的构建并测序。通过测序仪测得DNA片段的序列信息后,首先比对(M***ing)至所研究物种的参考基因组(References), 然后利用群体遗传学分析工具、系统发育软件等对序列信息进行分析,并与现代或者其他古代人群、动物等遗传信息进行比对,从而追溯个体或群体的来源、迁移以及融合过程等。
无论是比对(M***ing)、群体遗传学分析、还是系统发育分析,这些研究数据的处理都对背后的算力提出了要求。过去,科研人员通常使用台式机和普通的服务器进行一系列数据分析,单次能分析的序列数量非常有限;随着二代高通量测序技术平台的开发应用对小片段古DNA分子捕获能力的增强,科研人员实验所得的DNA序列大幅提升,带来了巨大的DNA数据处理需求,台式机和普通的服务器已经远远无法满足需求。
吉大考古学院与浪潮合作,创新性地开发了基于浪潮智算的基因测序加速应用方案,最大限度地提高了测序精准性、提升了古DNA使用效率,可以在9.64小时内完成全基因组分析,48分钟完成全外显子组分析,相比基于CPU的方案,基因数据处理速度提升39倍,加速了古DNA研究成果的诞生。
用科技的力量实现与历史的对话,浪潮正在持续不断地通过技术的力量推动人类文明发展和溯源、追问未知答案、追求人与地球的和谐共生,将智算力注入宇宙探索、文明研究、[_a***_]、物种保护、交通出行等各个领域,为不断变化的世界匹配持续迭代的科技来诠释和支持,让“计算之美”无处不在。
到此,以上就是小编对于土壤微生物高通量测序的问题就介绍到这了,希望介绍关于土壤微生物高通量测序的3点解答对大家有用。