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本文目录一览：
- 1、微生物生长的几种检测方法
- 2、小白的生信笔记(1)——高通量测序的一些基础知识
- 3、新一代测序技术
- 4、基因组测序在细菌基因组中的应用(二)
- 5、(一)概述:NGS测序在病原微生物检测中的应用
- 6、宏基因组shotgun入门笔记
微生物生长的几种检测方法
测定微生物的生长量常用的方法有：血球计数、染色计数、比例计数试、剂纸计数等。血球计数 血球计数是具有特殊的结构尺度和厚度玻璃片。
生长量测定法 1体积测量法：又称测菌丝浓度法。 通过测定一定体积培养液中所含菌丝的量来反映微生物的生长状况。
碳量 计繁殖数测定法 1血球计数板法 2染色计数法 3膜过滤培养计数法 4液体稀释法 5平板菌落计数法 网上有具体操作，你可以百度微生物生长测定法，挑选出适用于细菌的。
微生物生长的测定方法有多种，根据研究对象或目的选择。（一）微生物细胞数目的检测方法1．总细胞计数法 显微镜直接记数法和比浊法（1）血球计数板法 血球汁数板中央有一个体积一定的计数室（ 0.1mm3）。
微生物计量法 1 体积测量法 又称测菌丝浓度法，通过测定一定体积培养液中所含菌丝的量来反映微生物的生长状况。
小白的生信笔记(1)——高通量测序的一些基础知识
1、de novo测序也称为从头测序：其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼接，组装，从而获得该物种的基因组图谱。
2、CHIRP-Seq（ Chromatin Isolation by RNA Purification ）是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白的高通量测序方法。
3、二代微生物多样性的测序技术是基于保守区域的部分变异信息，通常在属及属以上的水平进行研究，三代微生物多样性的测序技术是基于保守区域的全部变异信息进行研究，可以实现种水平的物种注释。
4、随着NGS测序成本的降低，高通量测序分析变得越来越普遍。
5、A： Hi-C 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，研究全基因组范围内整个染色质 DNA 在空间位置上的关系，捕获不同基因座位上之间的空间交互信息。
新一代测序技术
1、新一代测序技术（next-generation sequencing， NGS）的起点是2005年以来Roche 45Illumina GA/HiSeq、Life SOLiD/Ion Torrent、PacBio RS技术的发明，新技术使测序通量快速增加，测序成本极大降低。
2、Sanger测序技术。此技术也称为链终止法，这是最早的DNA测序技术。
3、条件不同 从头测序的条件是不依赖于任何物种基因组；重测序的条件是在已知物种基因组的情况下进行的。
4、同时，由于二代测序只能对于SNP、INDEL等较小变异做深入分析，而无法对大规模结构变异与重排进行研究，因此这方面也有研究组在跟进。
基因组测序在细菌基因组中的应用(二)
为了准确地解释基因型药物敏感试验（drug susceptibility testing，DST）的全基因组测序数据，需要全面了解结核分枝杆菌复合物（Mycobacterium tuberculosis complex，MTBC）中与抗生素耐药相关的基因的遗传变异的关系。
二代测序技术的应用可以概括为基因组测序、转录组测序、甲基化测序、重测序和蛋白质组学。其中，基因组测序可以用来研究遗传学、疾病基因、基因表达、生物多样性和深入研究基因组结构能。
基因组测序在植物领域的应用有：基因组测序、转基因技术、分子标记***育种、单细胞测序技术等。基因组测序 基因组测序是一种通过测序技术获得一个完整的基因组序列表示的方法。
二代测序作为一种检测手段，主要应用于基因的生殖变异（遗传性）与体细胞变异（获得性）的检测。
二代测序原理及应用如下：原理 二代测序原理也就是文库构建，PCR产生的片段或基因组打断的片段两端需要添加接头修饰才能进行测序。末端修饰。打断的片段是随机断裂，其末端可能是不平的。
(一)概述:NGS测序在病原微生物检测中的应用
1、实验室检查，如抗原检测、核酸检测、代谢产物检测以及毒素检测才是明确感染、指导治疗和判断预后的重要手段。
2、高通量测序在精准医学的应用：包括疾病基因的筛查，大规模测病人和正常人的基因，通过基因比较，得出与疾病可能相关的基因，后续再诊断这一疾病，即可筛查病人是否有这些基因的突变。比如乳腺癌，现已有较成熟的基因筛查方法。
3、目前，液体活检的主要应用领域之一是肿瘤的血液检测，即利用血液提示肿瘤发展进程及抗药性等信息，指导个体化精准治疗；检测对象主要是血液中游离的循环肿瘤 DNA（ctDNA）、循环肿瘤细胞（CTC）和外泌体（Exosome）等。
4、除了在生命科学领域的研究和诊断中应用外，NGS技术也被广泛用于农业、环境和食品安全等领域。
5、高通量测序 ，又叫“下一代”测序技术（NGS），是通过并行测序的方法，一次对几十万到几百万条DNA进行序列测定，广泛应用于肿瘤、病原学、遗传等领域。
宏基因组shotgun入门笔记
可以简单的理解为，16S是指测了一部分的基因组的宏基因组。
宏基因组在***上的定义是环境样本中基因组的总和 。由于宏基因组学主要针对的是微生物群落研究，所以这个概念现在主要指特定环境样本中的微生物基因组总和 （图1）。
问题一：如何用宏基因组测序？ 10分 宏基因组即生境中全部微小生物遗传物质的总和。
宏基因组，是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，提取环境样本DNA后，***用二代测序技术，通过组装获得环境中所有微生物基因信息总和。用于研究样品中全部微生物群落的多样性及群落[_a***_]差异。
冷冻、乙醇、RNAlater三种保存条件中的微生物群落、宏基因组和宏转录组高度一致。不同保存方法对标本内的生物学信息影响不大。2）口腔微生物能进入肠道并存活下来的数量很少、转录活性也很低。
这一步我也是走了很多弯路啊，之前没有去掉引物和barcode，所以跑程序经常断掉。
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